Comme Egypte et Chine de Cryo Interactive nous plongeaient dans l'histoire de ces deux civilisations, Aztec nous immerge dans la civilisation sud-américaine du même nom (ou presque).
Là-bas, un complot fomenté par les grands dignitaires du régime se trame autour de Motecozuma II, souverain aztèque. Le jeune Coapil "petit serpent" se trouve malgré lui impliqué dans l'intrigue et voit la vie de ses proches menacée. Pour déjouer le complot qui se trame et sauver son empereur, Coapil se lance dans une course poursuite effrénée.